Fyns SportsCollege blev, som selvejende institution, dannet i 1995. Initiativtagerne var fremsynede erhvervs- og uddannelsesledere, der herigennem så en mulighed for kobling mellem kompetencegivende uddannelse og sport. 

Fyns SportsCollege startede som et samarbejde mellem Erhvervsskolerne Svendborg Handelsskole og Svendborg Tekniske Skole samt håndboldklubben GOG.  Det første år var udelukkende med håndbold på programmet, men allerede året efter i 1996 kom endnu en samarbejdspartner til i form af fodboldklubben SfB. Herefter kom flere samarbejdspartnere til; gymnastikforeningen SG med spring/rytme gymnastik, Svendborg Badmintonklub og senest Dansk Fitness. Klubberne bidrager med trænere, faciliteter og en ekspertise, der sikrer at sport og uddannelse finder sted på et højt niveau.